高校本科知网查重的原理主要是通过对学生提交的论文进行与知网数据库进行比对，检测论文中是否存在抄袭、重复等现象。知网查重系统通过对文本的分析，识别文本中的相似度，从而判断论文的原创性。

在高校本科知网查重过程中，系统会对论文进行分段、分句、分词等处理，然后将处理后的文本与知网数据库中的文献进行比对，计算相似度并生成查重报告。通过这一过程，可以有效保障学术论文的原创性和学术诚信。